Vanuit het Academiegebouw zijn het Senaatsarchief, het Archief van Curatoren en wat later ook de oude archieven van de faculteiten kort na 1900 overgebracht naar de Universiteitsbibliotheek. In de jaren 1930 zijn deze archieven (die lopen tot 1877) geïnventariseerd in het Algemeen Rijksarchief te ’s-Gravenhage. In latere decennia zijn nog diverse andere universitaire archieven en archiefbestanden in de Universiteitsbibliotheek ondergebracht. Ze werden door de Centrale Archief Selectiedienst te Winschoten geordend en geïnventariseerd in de jaren 2000-2001. Hieronder volgt een overzicht van alle universiteitsarchieven.

• Archieven van Curatoren — College van Bestuur — Universiteitsraad
  — Archief van Curatoren, 1574-1815, 1815-1877, 1878-1953
  — Archief van Curatoren / College van Bestuur, 1952-1989
  — Kluisstukken, 1940-1951
  — Archief inzake de studenteninschrijvingen, 1877-1977 (1987)
  — Archief van de Universiteitsraad, (1967) 1971-1989 
• Archieven van Senaat — Rector Magnificus — College van Dekanen
  — Archieven van Senaat en Faculteiten, 1575-1877
  — Archief van de Rector Magnificus en de Senaat, 1875-1972
  — Archief van het College van Dekanen en de Rector Magnificus, 1971-1989
• Archieven van de Faculteiten, met diverse apart beschreven bestanddelen:   
  — Archieven van Senaat en Faculteiten, 1575-1877
  — Archief van de Faculteit der godgeleerdheid, 1815-1968
  — Archief van de Faculteit der rechtsgeleerdheid, (1773-), 1850-1979
  — Archief van de Faculteit der letteren en wijsbegeerte, 1856-1952
  — Archief van de Faculteit der letteren, 1948-1984
  — Archief van de verenigde Faculteiten der rechtsgeleerdheid, letteren en wijsbegeerte, 1883-1958
  — Archief van de Faculteit der Geneeskunde, 1847-1958 (1965)
  — Archief van het Laboratorium medische chemie, 1926-1955
  — Archief van de Faculteit der wis- en natuurkunde, (1835-), 1899-1955
  — Archieven van het Zoötomisch laboratorium (later genoemd Zoölogisch laboratorium), 1868-1954 en van de hoogleraar zoölogie C.J. van der Klaauw, 1934-1959
• Archief van de Bibliotheek der Universiteit, 1595-1869 (-1974)
• Archieven van instellingen verbonden met de Rijksuniversiteit Leiden, 1828-1994

De online catalogus bevat collection guides voor alle universiteitsarchieven, voorzien van gedetailleerde (elektronische) inventarissen.

Sinds 1909 zijn er 28 inventarissen gepubliceerd die betrekking hebben op de Leidse universiteitsarchieven. U vindt deze toegangen bij elkaar in een aparte collection guide: Catalogues of the Holdings of Leiden University Libraries (afd. Q). De elektronische inventarissen in de collection guides zijn echter dekkend en vormen thans de belangrijkste toegang.