In de Handbibliotheek Bijzondere Collecties (tweede verdieping, ingang 4, rechts) vindt u:

• tijdschriften, naslagwerken, bibliografieën;
• reeksen handschriftencatalogi geklasseerd naar taal of volk (Z6605), naar onderwerp (Z6611), naar regio of land (Z6620) en naar bibliotheek (Z6621);
• literatuur op het gebied van codicologie en paleografie (Z105-115.5) en handschriftenverluchting (ND2289-2416).

De banden zijn geordend volgens de Library of Congress Classification. De LCC-plaatsingscodes in de catalogus en op de bandetiketten onderscheiden zich van die van de Studiezalen op de eerste verdieping doordat ze beginnen met “II-4”.  Voor een overzicht van de inhoud van deze handbibliotheek zie de subject guide Handschriften, archieven en brieven: nadere informatie.

In de Leeszaal Bijzondere Collecties (tweede verdieping, ingang 4, links) vindt u paleografische atlassen (DOUSA 86) en gedrukte facsimile’s van (middeleeuwse) handschriften geklasseerd naar inhoud, cultuurgebied (DOUSA 87) en verluchting (DOUSA 88). Voor een overzicht zie de subject guide Handschriften, archieven en brieven: nadere informatie.

In kamer 211 (tweede verdieping, ingang 5, rechts) vindt u een kaartsysteem voor microfilms en microfiches van circa 1700 handschriften bewaard in andere instellingen: alfabetische ingangen op bewaarplaats en signatuur. Na aanvraag van de microvormen in de Leeszaal Bijzondere Collecties kunt u ze hier raadplegen met een leesapparaat.

• CERL’ List of Web Resources for Manuscripts and archives — links met toelichting, verdeeld in vier secties: Institutional collections – Beyond institutional collections – Research tools – Educational and other resources.
• CERL Manuscripts Librarians Working Group (Europa) — met onder meer National Backgrounds over handschriftencollecties en gerelateerde activiteiten per land
• Amsterdam, Allard Pierson — bijzondere collecties Universiteit van Amsterdam
• Den Haag, Koninklijk Bibliotheek — bijzondere collecties
• Den Haag, Literatuurmuseum — van liefdesbrieven tot manuscripten
• Groningen, Universiteitsbibliotheek — bijzondere collecties
• Utrecht, Universiteitsbibliotheek — bijzondere collecties
• BnF Archives et manuscrits — handschriften en archieven in de Bibliothèque Nationale de France
• Catalogue collectif de France — handschriften en archieven in overige Franse bibliotheken, inclusief repertorium met informatie over 5000 bibliotheken (zie ook À propos CCfr)
• British Library — handschriften en archieven

In kamer 211 (tweede verdieping, ingang 5, rechts) bevindt zich de Bibliotheca Neerlandica Manuscripta, een documentatieapparaat over Middelnederlandse handschriften waar ook ter wereld bewaard. De BNM verzamelt en beheert gegevens over de Middelnederlandse teksten in deze handschriften en hun auteurs, over de personen die bij de productie van de handschriften waren betrokken en over de bezitters vanaf de Middeleeuwen tot op heden. De complete documentatie bevindt zich in twee kasten met handschriftbeschrijvingen, geordend op bewaarplaats en signatuur. De tekstuele en codicologische gegevens van deze beschrijvingen zijn genoteerd op fiches en geordend in diverse kaartsystemen (o.a. auteurs en trefwoorden, kopiisten en bezitters, scriptoria en librijen).

De BNM is voor een groot deel ook digitaal te raadplegen. Alle handschriftbeschrijvingen zijn gedigitaliseerd; de inventaris van de collection guide Bibliotheca Neerlandica Manuscripta bevat links naar de scans in Digital Special Collections. Tweederde van de gegevens uit de fichiers, aangevuld met materiaal uit recente publicaties, is sinds 1991 ingevoerd in een database. Sinds 2017 is deze database beschikbaar in een versie die met subsidie van CLARIN is ontwikkeld door Huygens ING, in samenwerking met de universiteiten van Leiden en Utrecht: Bibliotheca Neerlandica Manuscripta & Impressa (BNM-I).

• Medieval Manuscripts in Dutch Collections — handschriften in Latijns schrift berustend  in Nederlandse instellingen (inclusief Leiden)
• Medieval Illuminated Manuscripts — verluchte handschriften van de Koninklijke Bibliotheek & Museum Meermanno, Den Haag
• Luxury Bound — ruim 3800 handschriften verlucht met miniaturen en/of gehistorieerde initialen  in de Nederlanden tussen 1400 en 1550
• Bibliotheca Neerlandica Manuscripta & Impresa (database) — Middelnederlandse handschriften wereldwijd
• Koninklijke Bibliotheek Brussel — grootste verzameling middeleeuwse handschriften in de Nederlanden, met als kern de Bourgondische bibliotheek
• Manuscripta Mediaevalia — handschriften in Duitse landen
• e-codices — ruim 1500 gedigitaliseerde handschriften uit Zwitserse bibliotheken
• Digital Scriptorium — middeleeuwse en vroegmoderne handschriften in bibliotheken van de Verenigde Staten
• Kristeller: Latin manuscript books before 1600 — overzicht van catalogi betreffende handschriftencollecties wereldwijd
• Schoenberg Database of Manuscripts — gegevens over ruim 125.000 middeleeuwse handgeschreven boeken (geen fragmenten) vervaardigd voor 1600.
• Digitized Medieval Manuscripts — overzicht van wereldwijd gedigitaliseerde handschriften, samengesteld door Giulio Menna en Marjolein de Vos
• Institut d’Histoire et de Recherches des textes  — IRHT “se consacre à la recherche fondamentale sur les manuscrits médiévaux et les imprimés anciens. L’histoire des textes écrits dans les principales langues de culture du pourtour méditerranéen, latin, langues romanes, hébreu, grec, copte, syriaque, arabe, y est traitée dans tous ses aspects: supports matériels de l’écrit, écriture et décoration, contenu textuel, iconographie, diffusion et réception”.
• Ligatus. Language of Bindings — thesaurus met termen van belang voor de beschrijving van historische boekbanden

In kamer 211 (tweede verdieping, ingang 5, rechts) bevindt zich een kaartsysteem voor de alba amicorum in de Nederlanden tot 1800. Met ingangen op inscriptor en albumhouder.

• Archieven.nl — archievenoverzichten en inventarissen; doorzoekt alle personen, kranten, beeldbanken, archiefvormers en  de erfgoedgids (archiefdiensten, historische verenigingen en musea)
• Nationaal archief — Het Nationaal archief beheert overheidsdocumenten, archieven van de provincie Zuid-Holland en particuliere archieven
• Alba amicorum in Nederland — beschrijvingen van alle alba amicorum van vóór 1800 in openbaar of particulier bezit, die van belang zijn voor de Nederlanden.
• Archives Portal Europe — archiefoverzichten en inventarissen van Europese archiefdiensten en instellingen
• Agrippa — catalogus van het Letterenhuis, Antwerpen
• Kalliope Verbundkatalog — ontsluit nalatenschappen, autografen en uitgeversarchieven in meer dan 450 Duitse instellingen
• Zentrale Datenbank Nachlässe — ontsluit vooral nalatenschappen in Duitse archiefinstellingen
• Archives Hub — nalatenschappen en archieven berustend in universiteiten van het Verenigd Koninkrijk
• Kennisbank wet- en regelgeving —  van toepassing op overheidarchieven (informatie via Nationaal Archief)

In kamer 211 (tweede verdieping, ingang 5, rechts) bevindt zich het 'apparaat-Molhuysen', een kaartindex op gepubliceerde brieven van en aan Nederlandse geleerden, vanaf 1902 door P.C. Molhuysen samengesteld in opdracht van de Commissie van geschiedenis en oudheidkunde van de Maatschappij der Nederlandse Letterkunde. Bijgehouden tot 1911. Opgenomen onder de handschriften van de Maatschappij (LTK 1643).

• Catalogus Epistularum Neerlandicarum (CEN) — Nationale brievencatalogus
• ePistolarium — interface waarmee ca. 20.000 geleerdenbrieven uit de zeventiende-eeuwse Republiek worden doorzocht en geanalyseerd.
• Agrippa — inventaris AMVC Letterenhuis, Vlaanderen
• Kalliope Verbundkatalog — ontsluit nalatenschappen, autografen en uitgeversarchieven in meer dan 450 Duitse instellingen
• Early Modern Letters Online — project van de University of Oxford op het gebied van catalogisering van vroeg-moderne brieven